O Programa de Monitoramento e Conservação da Flora faz parte da Gestão Ambiental das obras da rodovia, atuando para mitigar os impactos decorrentes da supressão da vegetação necessária à duplicação, consequente redução do material genético disponível na região, e da possibilidade de instalação de espécies exóticas com potencial invasor. Para minimizar esses efeitos, são aplicados os Subprogramas de Resgate de Germoplasma, Resgate de Epífitas, Transplante de Espécimes Arbóreos